除了事业成功之外，郑伊健的感情生活也十分丰富。郑伊健的第一任女友是主持人黎芷珊，两人相识于郑伊健出道早期，彼时的他们都是儿童节目《430穿梭机》的主持人。黎芷珊是赌王何鸿燊原配夫人黎婉华的侄女，能够进入这档儿童节目离不开何鸿燊的关系，原本郑伊健能够借此得到更好的发展，但他却因为性格不合适而选择了和黎芷珊分手。
和黎芷珊分手后，郑伊健又在电视剧《激情岁月》中认识了邵美琪，他和邵美琪的这段恋情也被外界视为“意难平”的一段。和邵美琪相识时，郑伊健还是一个“无名小卒”，而邵美琪早已成为了著名演员，原本这段“女强男弱”的感情并不被大家看好，但那时的郑伊健却用实际行动击碎了不少外界的流言蜚语。
在邵美琪面对外界争议时，郑伊健永远会挺身而出替她挡住流言蜚语，两人相恋时他更是立下豪言壮志说自己未来的妻子一定会是邵美琪。郑伊健和邵美琪相恋7年，这7年内郑伊健成功因为《古惑仔》登上事业巅峰，而邵美琪却因为身体原因暂时修养，最开始时两人依旧相互扶持，直到梁咏琪的出现，这段关系还是出现了裂痕。
